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DNA@Home

Michael H.W. Weber — Fri, 27 Jan 2012 20:00:14 GMT

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−	~~{{Überarbeiten}}~~	+	Das Ziel von DNA@Home ist aufzudecken, was genau die [http://de.wikipedia.org/wiki/Gen Gene] in der [http://de.wikipedia.org/wiki/DNA DNA] reguliert. Ist Dir je aufgefallen, dass Hautzellen anders sind als Muskelzellen und dass diese sich wiederum von Knochenzellen unterscheiden, obwohl alle Zellen Deines Körpers die selben Gene in ihrer DNA tragen? Der Grund für diese Unterschiede ist die Tatsache, dass nicht alle Gene in allen Zellen stets angeschaltet sind. Abhängig vom Zelltyp und vom aktuellen Zustand der Zelle ist nur ein Bruchteil der Gene aktiviert, während der Rest abgeschaltet ist.
−	DNA@Home ~~befindet sich~~ in der ~~frühen Testphase~~. ~~Es wird an~~ der ~~gleichen technischen Uni durchgeführt wie~~ [[~~Milkyway~~@~~home~~]].	+	[[DNA@Home]] benutzt statistische Algorithmen, um das Geheimnis dieser differentiellen Regulation zu lüften und setzt dafür freiwillig bereitgestellte Rechenressourcen ein.

−	~~Momentan beschäftigt~~ man sich ~~damit~~ [[wikipedia:Mycobacterium tuberculosis\|Mycobacterium tuberculosis]] zu verstehen, ~~den Erreger der Tuberkulose~~. ~~Damit~~ andere diese ~~Informationen~~ nutzen können um ~~die~~ Krankheit ~~zu stoppen~~. Später ist geplant [[wikipedia:Yersinia pestis\|Yersinia pestis]] zu untersuchen. Den Erreger der Beulenpest.	+	Das wichtigste Prinzip der Genregulation findet auf Ebene der sogenannten [http://de.wikipedia.org/wiki/Transkription_%28Biologie%29 Transkription] statt. Dies ist ein Prozess, bei dem ein [http://de.wikipedia.org/wiki/Protein Protein] namens [http://de.wikipedia.org/wiki/RNA-Polymerase RNA Polymerase] ein Gen vom Anfang bis zu seinem Ende auf dem DNA-Doppelstrang liest und in ein [http://de.wikipedia.org/wiki/RNA RNA]-Botenmolekül übersetzt - die sogenannten [http://de.wikipedia.org/wiki/MRNA mRNA]. Diese wird dann freigesetzt. Andere [http://de.wikipedia.org/wiki/Molek%C3%BCl Moleküle], die man als [http://de.wikipedia.org/wiki/Transkriptionsfaktor Transkriptionsfaktoren] bezeichnet und die ebenfalls Proteine sind, können am Anfang eines Gens an die DNA binden und die RNA-Polymerase entweder dabei unterstützen oder z.B. durch Bindung im proteinkodierenden Bereich durch Blockade des Leseweges davon abhalten, ein Gen in mRNA umzuschreiben. Es ist die Präsenz oder Abwesenheit dieser Transkriptionsfaktoren, die bestimmt, ob ein Gen im Sinne des Transkriptionsprozesses an- oder abgeschaltet ist. Unglücklicherweise hat man bisher für die meisten Gene keine genaue Kenntnis davon, welche Transkriptionsfaktoren nun welche Gene regulieren.
		+
		+	Transkriptionsfaktoren haben sogenannte Fingerelemente, die bevorzugt an gewisse, kurze Sequenzelemente im Buchstabenkode der DNA binden, jedoch wissen wir in vielen Fällen nicht genau, um welche Sequenzfolgen es sich handelt. Die DNA@Home Software sucht nun nach kurzen Abfolgen von Basen, die mehr oder weniger identisch sind in der Nähe des Anfangs von verschiedenen Genen innerhalb desselben [http://de.wikipedia.org/wiki/Genom Genoms] und in Genomen verwandter Organismen. Da DNA Sequenzen eines Genoms lang sind (im Bereich von Millionen bis Milliarden von [http://de.wikipedia.org/wiki/Nukleotid Nukleotidbasen] bzw. "Buchstaben") und die Transkriptionsfaktorerkennungssegmente nur kurz und zudem von einem Gen zum anderen nur ansatzweise konserviert sind, handelt es sich hier um ein sehr rechenintensives Problem, das dem Suchen einer Nadel in einem Heuhaufen gleichkommt. Wir hoffen, dass Dein Computer dabei helfen kann.
		+
		+	Unsere aktuellen Untersuchungen befassen sich mit dem Genom von [[wikipedia:Mycobacterium tuberculosis\|Mycobacterium tuberculosis]], um genau zu verstehen, wie [http://de.wikipedia.org/wiki/Tuberkulose Tuberkulose] entsteht, so dass andere diese Informatiuonen nutzen können, um diese Krankheit aufzuhalten, die jährlich Millionen Todesopfer fordert. Später ist geplant [[wikipedia:Yersinia pestis\|Yersinia pestis]] zu untersuchen. Den Erreger der [http://de.wikipedia.org/wiki/Beulenpest#Beulenpest Beulenpest].
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		+	DNA@Home befindet sich in der frühen Testphase. Es wird an der gleichen technischen Uni durchgeführt wie [[Milkyway@home]].

	{{Projektübersicht		{{Projektübersicht
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	== Clientprogramm ==		== Clientprogramm ==
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−	{{Windows ~~nein~~}}	+	{{Windows ja}}
	{{Windows_64 nein}}		{{Windows_64 nein}}
	{{Linux nein}}		{{Linux nein}}

Benutzer:Vilkova1984

Vilkova1984 — Fri, 27 Jan 2012 04:23:16 GMT

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Benutzer:Anzortvmailru1964

Anzortvmailru1964 — Fri, 27 Jan 2012 00:07:36 GMT

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Benutzer Diskussion:Yoyo/ToDo

Yoyo — Thu, 26 Jan 2012 18:16:06 GMT

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		+	* http://sim1.sytes.net/sim1/index.php
	* http://155.210.135.160/puente/index.php		* http://155.210.135.160/puente/index.php
	* http://www.sustainablegrid.org/		* http://www.sustainablegrid.org/

Benutzer:Mxplm/RNAWorld

Mxplm — Wed, 25 Jan 2012 18:36:19 GMT

Neue Seite

==TODO==
* Bestandsaufnahme

* Wiederverwendbarkeit in cmsearch Code prüfen
** Formular
** Parameterprüfung
** Dateiprüfung

* Dateinamen(länge) prüfen

* Test cmsearch

* Schnittstellen erfragen

* Wieder mit sql und svn arrangieren

* cmsearch S/XXL Sonderlocke abfangen: z.Z. könnte ein User, der für cmsearch S Jobs verschicken darf, beliebig viele XXL WUs absetzen, da die Zuordnung erst in create_work.pl geschieht. Für die Submission Forms sollte nur eine cmsearch App sichtbar sein, in der S und XXL summiert dargestellt sind. Mehr Aufwand, aber deutlich bessere Usability und Sicherheit.

* cmcalibrate

* cmalign

* cmbuild

* Beobachten/Kooperieren? [http://boinc.berkeley.edu/trac/wiki/RemoteJobs BOINC API for RemoteJobs], [http://www.mail-archive.com/boinc_dev@ssl.berkeley.edu/msg04289.html MailArchive zu RemoteJobs]
** Zertifikate für User? [http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/FAQ/en#Can_I_as_a_scientist_submit_tasks_to_RNA_World.3F] [http://www.mail-archive.com/boinc_dev@ssl.berkeley.edu/msg04290.html]

* [[Benutzer_Diskussion:Yoyo/RNA_World]]

===erledigt===

==Codeschnipsel==

==Dokumentation==
===Prozesse===
===Schnittstellen===
===Daten (DB)===
===Dateien===
===Code===

Benutzer:Mxplm

Mxplm — Wed, 25 Jan 2012 13:22:07 GMT

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	===DC in der Cloud===		===DC in der Cloud===
	In dem Artikel [[Datei:Distributed_Computing_in_the_Cloud_-_BOINC_and_Amazons_Elastic_Compute_Cloud_EC2_ENGLISCH.pdf\|Distributed Computing in the Cloud - BOINC and Amazon's Elastic Compute Cloud EC2]] (März 2011, Englisch) habe ich untersucht, zu welchen Kosten man in DC in der Cloud betreiben kann.		In dem Artikel [[Datei:Distributed_Computing_in_the_Cloud_-_BOINC_and_Amazons_Elastic_Compute_Cloud_EC2_ENGLISCH.pdf\|Distributed Computing in the Cloud - BOINC and Amazon's Elastic Compute Cloud EC2]] (März 2011, Englisch) habe ich untersucht, zu welchen Kosten man in DC in der Cloud betreiben kann.
−	==~~Sonstiges~~==	+	===RNA World===
−	~~Derzeit schreibe ich eine wissenschaftliche~~ Arbeit zum Thema Chancen durch IPv6. Dazu habe ich einen virtuellen Server (vServer) mit nativer IPv6 Anbindung gemietet. Dort teste ich verschiedene Dienste, nämlich SSH, Web- und FTP-Server und später auch einen Mailserver unter IPv6. Die Konfiguration könnt ihr zusammen mit ein paar kurzen Erläuterungen hier einsehen:	+	Die Job Submission Forms bei RNA World fallen sind derzeit bei mir in Arbeit: [[Benutzer:mxplm/RNAWorld]]
−		+
−	[~~http~~:/~~/www.vserver-ipv6.de/ vServer mit SSH, Web-, FTP-Server und IPv6~~]	+

Benutzer:Semack2026

Semack2026 — Tue, 24 Jan 2012 00:19:52 GMT

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Benutzer Diskussion:Yoyo/ToDo

Yoyo — Mon, 23 Jan 2012 20:40:40 GMT

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	{{Box blau\|1=Diese Projekte sind noch nicht im Wiki und müßten hinzugefügt werden. Als Vorlage nehme ich immer [[Einstein@home]]:		{{Box blau\|1=Diese Projekte sind noch nicht im Wiki und müßten hinzugefügt werden. Als Vorlage nehme ich immer [[Einstein@home]]:
		+	* http://155.210.135.160/puente/index.php
	* http://www.sustainablegrid.org/		* http://www.sustainablegrid.org/
	* http://boinc.biruni.upm.my/putra/		* http://boinc.biruni.upm.my/putra/

Benutzer:Mcpanika2020

Mcpanika2020 — Sun, 22 Jan 2012 01:22:00 GMT

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Benutzer:Mamut

Mamut — Sat, 21 Jan 2012 22:28:57 GMT

Benutzer wurde neu registriert

Benutzer Diskussion:Yoyo/ToDo

Yoyo — Fri, 20 Jan 2012 10:01:36 GMT

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	{{Box blau\|1=Diese Projekte sind noch nicht im Wiki und müßten hinzugefügt werden. Als Vorlage nehme ich immer [[Einstein@home]]:		{{Box blau\|1=Diese Projekte sind noch nicht im Wiki und müßten hinzugefügt werden. Als Vorlage nehme ich immer [[Einstein@home]]:
		+	* http://www.sustainablegrid.org/
	* http://boinc.biruni.upm.my/putra/		* http://boinc.biruni.upm.my/putra/
	* http://www.ras.unam.mx/sensor/ sieht wie qcn aus		* http://www.ras.unam.mx/sensor/ sieht wie qcn aus